Die Maschinen sind bereits in Zion angekommen und liefern sich eine erbitterte Schlacht mit den Menschen, die sich auf keinen Fall geschlagen geben wollen. Neo (K. Reeves) und seine Geliebte Trinity (C.-A. Moss) haben sich auf den Weg in die Maschinenstadt gemacht um dort einen Waffenstillstand auszuhandeln. Doch der Weg ist noch schwerer als sie dachten, denn nicht nur Maschinen stellen sich ihnen in den Weg, sondern auch Agent Smith (H. Weaving), der den beiden dicht auf den Versen ist.