6 Monate sind vergangen und Neo (K. Reeves) und seine Freunde haben so viele Menschen befreit, wie noch nie. Zusammen mit Trinity (C.-A. Moss) und Morpheus (L. Fishburne) geben sie alles um sich gegen die Herrschaft der Maschinen aufzulehnen. Die befreiten Menschen befinden sich in einer Stadt namens Zion. Doch genau diese Stadt wollen die Maschinen angreifen und die Menschen ein für alle Mal unterwerfen. Dem Auserwählten, Neo, und seinen Anhängern bleiben nur 72 Stunden Zeit eine Gegenoffensive vorzubereiten.