Neo (K. Reeves) ist ein Programmierer bei einer weltweit erfolgreichen Softwarefirma und gleichzeitig ein erstklassiger Hacker. Er trifft auf Morpheus (L. Fishburne), von dem er die Wahrheit über die Menschheit erfährt. In der Realität haben die Maschinen die Macht an sich gerissen und züchten die Menschen - die sich in einem Dauerschlaf befinden - um sie als Bioenergie-Lieferanten zu verwenden. Umgeben werden sie von einer Matrix, in die nur die befreiten Menschen zurückkehren können. Laut einer Prophezeiung wird eines Tages jemand kommen, der die Menschen aus der Sklaverei befreit und die Maschinen zerstört. Morpheus glaubt, dass dieser jemand Neo ist.