Die Geschichte fügt sich nahtlos an die Story des Final Fantasy VII Games für die PS One an. Der Frieden herrscht nun seit zwei Jahren. Doch nun steht man vor einer neuen Bedrohung. Die Bevölkerung wird durch eine mysteriöse schnell ausbreitende Krankheit bedroht. Nur Cloud, der sich eigentlich von seinem Heldentum zurückgezogen hat, muss ein letztes Mal aktiv werden, um der bevorstehenden Bedrohung Einhalt zugebieten …