Die FBI Abteilung für paranormale Fälle wurde geschlossen und die beiden Agents Fox Mulder (D. Duchovny) und Dana Scully (G. Anderson) haben ihren Dienst quittiert. In den verschneiten Hügeln des US-Bundesstaats Virginia verschwinden einige Frauen spurlos. Die Polizei ist mit dem Fall überfordert und der geistliche Pater Joe (B. Connolly) leidet unter Visionen, die mit den Ereignissen irgendwie im Zusammenhang stehen. Mulder und Scully werden zurück in den Dienst der FBI berufen und machen sich nun zusammen mit Pater Joe auf die Suche nach den vermissten Frauen.